В день, когда Мухаммеду Бекжанову исполняется 61 год, более 140 000 сторонников Amnesty International призвали президента Узбекистана позаботиться о его немедленном освобождении. Он находится в тюрьме дольше всех журналистов в мире.
Мухаммед Бекжанов провёл последние 16 лет в тюрьме, несмотря на заявление на судебном заседании в 1999 году о том, что признание своей вины в сфабрикованных обвинениях у него выбили под пыткой. Он заявил, что его избивали резиновыми дубинками, душили и пытали электрошоком. Суд не принял во внимание заявления о пытках. До сих пор по заявлению Мухаммеда Бекжанова расследования не проводилось, а виновников не выявили и к ответственности не привлекли.
Случай Мухаммеда Бекжанова в Узбекистане не уникален. В апреле 2015 года в рамках кампании «Пыткам — нет!» Amnesty International опубликовала доклад о пытках в Узбекистане под названием «Тайны и ложь: признания, полученные под пытками в Узбекистане». Авторы доклада пришли к выводу о том, что пытки и жестокое обращение, а также принятие к рассмотрению в судах доказательств, полученных под пытками, остаётся укоренившейся проблемой в Узбекистане.
Пытки и жестокое обращение фактически стали характерными чертами системы уголовного судопроизводства в Узбекистане. Это основной метод, к которому прибегают узбекские власти для подавления инакомыслия, борьбы с реальными или мнимыми угрозами безопасности и подавления политических оппонентов.
Мужчин и женщин в этом репрессивном государстве систематически вынуждают подписывать признательные показания, применяя невообразимо жестокие методы. При этом суды продолжают выносить обвинительные приговоры на основании этих замаранных пытками признаний. Кроме того, судьи систематически игнорируют или отвергают заявления о пытках и жестоком обращении как безосновательные, даже когда суду представляют достоверные доказательства. Уголовно-процессуальный кодекс Узбекистана не содержит ясно выраженного и всестороннего запрета пыток с целью получения признательных и других показаний, а также эффективных запретов на принятие к рассмотрению в суде доказательств, полученных таким способом. Таким образом, члены и сторонники Amnesty International призывают президента Узбекистана вынести указ о внесении поправок в Уголовно-процессуальный кодекс, включающих полный и абсолютный запрет пыток с целью получения признательных и других показаний, а также использования полученных под пытками доказательств в суде при рассмотрении уголовных и других дел за исключением случаев, когда они используются в качестве доказательств произвола при рассмотрении дел предполагаемых виновников.
Узбекистан остаётся страной, закрытой для эффективного международного надзора. В последние годы ни одной независимой международной организации, в том числе Amnesty International, не предоставили беспрепятственного доступа в страну с целью проведения независимого мониторинга положения с правами человека. В настоящее время ожидают рассмотрения 13 запросов специальных процедур Совета по правам человека о посещении страны, в том числе Специального докладчика по вопросу о пытках и других жестоких, бесчеловечных и унижающих достоинство видов обращения или наказания.
Подписи под петицией были собраны в 129 странах. Сбор подписей проходит в рамках кампании Amnesty International под названием «Пыткам — нет!», стартовавшей в мае 2014 года.
Мухаммед Бекжанов, главный редактор запрещённой газеты «Эрк», издававшейся оппозиционной политической партией, покинул Узбекистан в 1993 году по причине преследований, гонений и запугиваний со стороны властей из-за его связей с «Эрк».
16 февраля 1999 года в Ташкенте произошло шесть взрывов. При этом 13 человек погибли и более 100 получили ранения. После этого спецслужбы Узбекистана в произвольном порядке задержали сотни предполагаемых подозреваемых, включая представителей независимых исламских объединений, а также членов и сторонников запрещённых политических оппозиционных партий и движений и их родственников. Восемнадцатого марта 1999 года после взрывов в Ташкенте Мухаммеда Бекжанова в принудительном порядке возвратили в Узбекистан из Украины. Его удерживали под стражей без связи с внешним миром до конца апреля 1999 года.
На суде в апреле 1999 года Мухаммед Бекжанов сделал заявление совместно с другими обвиняемыми, проходившими по тому же делу, в котором утверждалось, что в предварительном заключении их подвергали пыткам, заставляя дать признательные показания по сфабрикованным обвинениям, приписывавшим ему и находившемуся в изгнании руководителю «Эрк» Мухаммеду Салиху причастность к февральским взрывам 1999 года. Помимо прочего Мухаммед Бекжанов утверждал, что его избивали резиновыми дубинками и пластиковыми бутылками с водой, душили и применяли электрошок. После его показаний председательствовавший судья дал адвокату защиты лишь 40 минут на изложение дела. Кроме того, суд не принял во внимание заявления Мухаммеда Бекжанова о пытках и выбитых признаниях и вынес приговор на основании его признательных показаний. Восемнадцатого августа 1999 года суд приговорил его к 15 годам лишения свободы за предполагаемую причастность к февральским взрывам 1999 года.
В феврале 2012 года его должны были освободить. Однако в январе 2012 года суд города Касан, находящийся недалеко от колонии, где он отбывал наказание, приговорил его ещё к четырём годам и восьми месяцам лишения свободы за предполагаемые нарушения тюремного режима. По сообщениям родственников, Мухаммед Бекжанов сообщил суду, что за 13 лет он не нарушил ни одного тюремного правила, и странно, что он начал нарушать их лишь за несколько недель до назначенного освобождения. В марте 2012 года апелляционный суд оставил в силе это решение.
Эффективных расследований по заявлениям о пытках не проводилось, несмотря на многочисленные жалобы, направленные в компетентные органы Мухаммедом Бекжановым, его адвокатом и родственниками за годы его заключения.